Muuga mõis (Münkenhof) on saanud nime preestermunkadelt. Mõisa esmamainiti 1526. aastal.
Aastail 1613–1940 kuulus Muuga mõis 19 omanikule.[5]
1581 läks mõis Rootsi krooni kätte; 1613 kuulus Heinrich Ungerile (surnud 1630); 1631 andis Rootsi kuningas Gustav II Adolf osa mõisast oma sekretärile Nils Nilsson Tungelile; 1660 anti teine osa mõisast Ungeri naise Anna õepojale von Zögele; 1665 läks kogu mõis ooberst Andres von Zögele (1625–1665); järgmine omanik Andreas von Zöge (1665–1706); Gotthard Johann von Zögele järgnes, alates 1659 krahv Manteuffel (1690–1763) ning alates 17. sajandi keskpaigast kuni 1796. aastani oli mõis Zoege von Manteuffelite aadliperekonna valduses.
Aastal 1796 sai mõisa omanikuks Jakob Gottlieb von Klugen, aastast 1799 aga Jakob Georg von Berg (1760–1844), Eestimaa rüütelkonna pealik ja riiginõunik. Aastast 1824 sai omanikuks Gustav Ernst von Stackelberg (1766–1850), aastast 1835 Peter Gustav von Uexküll-Güldenbandt, kelle ajal 1837. aastal oli mõisas 47 talu, 261 meest, 327 naist, 129 hobust, 326 sarvlooma, 1069 väikelooma, saeveski, viinavabrik ja 2 vesiveskit. Kaheksanda revisjoni järgi oli 1834 külas 613 inimest, kellest 270 olid mehed ja 343 naised. Mõisal oli viinavabrik, mille teisel korrusel olid tööliste eluruumid. See paiknes pargi servas, Eduard Vilde lapsepõlvekodu vastas.
Aastast 1848 vabahärra Johann Ludvig Georg von Uexküll–Güldenband (1818–1881), aastast 1853 parun Aleksander von Vietinghoff, aastast 1856 Leo Zoege von Manteuffel (1823–1908) ning 1860 ostis esinduslikult välja ehitamata mõisa Peterburis töötanud portreekunstniku Carl Timoleon von Neffi abikaasa Luise von Neff (sünd. Kaulbars 1804–1882). 1850. aastal oli portreekunstnik Neff ostnud ateljeeks Emil von Krusensternilt Rakvere linna naabruses asunud Piira mõisa, mille päris Neffide tütar Mary von Grünewaldt (1839–1919), kes oli abiellunud Liivimaa rüütelkonna sekretäri Moritz von Grünewaldtiga.
1887 päris fideikomissi Luise von Neffi ja Carl Timoleon von Neffi poeg aurahukohtunik Heinrich von Neff (1841–1906) ja 1906. aastal tema vanim poeg Timoleon (Leo) von Neff (1871–1919), kelle käes oli mõis kuni 1919. aasta võõrandamiseni.[6]